Projet d'amorce - Innovative Approaches to Assessing Viral Diversity in Bats (Chiroptera): A One Health Perspective on diverse Land-Use

Le projet VIRA-BATS porte sur l’étude innovante de la diversité virale chez les chauves-souris (ordre Chiroptera) dans l’Amazonie équatorienne, plus précisément dans les provinces de Pastaza et Sucumbíos. L’Équateur, pays mégadivers, abrite une grande richesse en chauves-souris, espèces clés pour l’écosystème mais également réservoirs de nombreux virus zoonotiques. Ces derniers peuvent être transmis aux humains, ce qui représente un enjeu majeur de santé publique et de conservation. Le projet s’appuie sur des technologies avancées telles que la métagénomique avec séquençage nanopore et des méthodes non invasives de collecte d’échantillons pour caractériser la diversité virale en lien avec les différents usages des terres et les habitats variés. Il intègre une approche multidisciplinaire de type One Health, combinant écologie, santé humaine et animale, et environnement. En impliquant les communautés locales et les autorités, le projet vise à élaborer une cartographie des risques et des outils pédagogiques afin de mieux gérer les maladies émergentes liées aux chauves-souris et promouvoir une gestion durable des territoires. Ce travail s’inscrit dans une dynamique régionale peu explorée en Amérique latine, avec pour ambition de renforcer la surveillance des maladies à l’échelle nationale et régionale. Le projet a pour but principal de renforcer les capacités de recherche en Équateur sur les zoonoses associées aux chauves-souris, en développant la connaissance scientifique, les méthodes analytiques et les compétences locales. Il s’intéresse spécifiquement à l’impact des différents usages des terres (agriculture, déforestation, urbanisation) sur la diversité des chauves-souris et la diversité virale qu’elles hébergent, ainsi que sur les risques de transmission aux humains, au bétail et à la faune sauvage. Les objectifs détaillés sont : caractériser la phylogénie et la phylogéographie des virus présents chez les chauves-souris selon les types d’habitats, en utilisant le séquençage nanopore et le metabarcoding ; évaluer le rôle de la diversité des habitats dans le risque d’émergence de maladies zoonotiques ; sensibiliser et former les communautés locales, les décideurs et les acteurs régionaux à la compréhension de ces liens entre biodiversité, usage des terres, virus et santé publique, via des programmes éducatifs et des outils accessibles.