Projet d'amorce - Harnessing whole genome sequencing to tackle biocide and antimicrobial resistant K. pneumoniae and P. aeruginosa causing

Le projet HospiCare ambitionne de comprendre et de freiner la propagation de deux bactéries hautement résistantes, Klebsiella pneumoniae et Pseudomonas aeruginosa, responsables d’infections nosocomiales graves dans quatre grands hôpitaux publics du Cameroun. Ces établissements — à Yaoundé et Douala — accueillent chaque mois des centaines de patients en soins intensifs, chirurgie et néonatologie, secteurs particulièrement vulnérables. Le projet part du constat alarmant que l’usage intensif de désinfectants, combiné à un manque d’hygiène des mains chez certains soignants, pourrait favoriser l’émergence et la diffusion de souches résistantes, y compris aux antibiotiques de dernier recours comme les carbapénèmes. En collaboration avec des partenaires en Belgique, France et Royaume-Uni, les chercheurs mèneront une vaste enquête sur le terrain, associant prélèvements cliniques et environnementaux, analyses microbiologiques et séquençage complet du génome. Les résultats permettront de dresser la cartographie génétique des résistances, d’identifier les voies de transmission et de relier les profils bactériens aux pratiques de désinfection, ouvrant la voie à des stratégies de contrôle plus efficaces. Le projet vise à caractériser en profondeur la diversité génétique des souches résistantes de K. pneumoniae et P. aeruginosa circulant dans les hôpitaux camerounais, à relier leur présence à l’intensité et au type de biocides utilisés, et à explorer le lien entre résistance aux désinfectants et aux antibiotiques. Il cherchera à établir si des gènes de résistance d’origine environnementale se retrouvent dans les souches cliniques et à retracer les voies possibles de transmission — des surfaces hospitalières aux soignants, puis aux patients. Par le séquençage et l’analyse bioinformatique, l’équipe documentera également les facteurs de virulence et les éléments génétiques mobiles favorisant la dissémination, afin de proposer des recommandations adaptées aux réalités locales.